1. 本校創立於西元1928年(民國十七年)四月一日，定名「台灣公立龍肚農業補習學校」，西元1936年(民國二十五年)遷入現址，易名「旗山實踐農民學校」。

2. 西元1945年(光復後)定名「高雄縣立旗山初級農業學校」。

3. 民國四十四年改制為「高雄縣立旗山農業職業學校」。

4. 民國五十三年改制為「台灣省立旗山農業職業學校」。

5. 民國五十八年更名為「台灣省立旗山高級農業學校」，六十一年增設工科更名為「台灣省立旗山高級農工職業學校」。

6. 民國八十九年二月一日改制「國立旗山高級農工職業學校」。

各科設科目標如下

農場經營科
將生物技術、企業管理概念融入生產技能學習中，藉由建教合作、產學觀摩，培育現代化農場經營及管理人才。

生物產業機電科
培育學生利用機械、電機、電子及電腦等機電整合與自動化技能，應用於生物系統生產、管理、品質監控等領域，造就優質機電人才。

畜產保健科
1. 將朝寵物觀光、休閒、本土特有小型動物的飼養管理為發展方向。
2. 培育學生對畜產品加工技術的養成。

家政科
1.培養學生烹飪、縫紉、手工藝等技術。
2.訓練學生取得中餐烹調技術士證照，以因應社會變遷，協助社區發展，提昇生活品質。

食品加工科
1.輔導學生邁向四技二專深造，保持優良之升學風氣。
2.設有乙、丙級烘焙食品技術士檢定場，推動學生取得技術證照。
3.因應科技人才之需求，加強分析檢驗、微生物技術及生物技術等課程。
4.充分利用地方資源，積極研發地方特產，如：香蕉、木瓜及荔枝等加工品。

園藝科
1.目標在培育精緻園藝專業人才、充實園藝生產及應用知識與技能，以養成園藝企業經營之人才。
2.現代化大型溫室、苗圃、果園、造園教室、園產處理加工教室、組織培養教室、花藝教室等，設施完善，技術先進、師資學、
   養、藝兼備。

機械科
培養機械工業基層技術人才，使學生能夠擔任各種機械之操作、維護、機械產品之製圖、製造及檢驗等工作能力。

電機科
1.培養電機技術人才，學習有關電機、資訊、控制、自動化的基礎技能。
2.加強人格修養、職業道德，促進自我發展能力及健全身心，以因應現代高科技人才的需求。

汽車科
1.傳授學生汽車檢驗及維修之基本知識。
2.訓練學生汽車裝配、保養、及修護等基本技能，並養成良好的安全工作習慣，成為交通、運輸類服務優質技術人員。